1970'lerde Monarch adlı gizli örgütle temasa geçen dev maymun Kong, Kafatası Adası'nda yaşamaya devam etmekte ve bu arada bilim insanı Ilene Andrews tarafından bakılmaktadır. Kong, Ilene'in sağır evlatlık kızı Jia ile arkadaş olmuştur, ancak daha sonra dünyayı kurtarmak için adasından uzaklaştırılacaktır: Çünkü bu arada Godzilla dünyanın dört bir yanındaki araştırma tesislerine rastgele saldırmaya başlamıştır. Godzilla ve diğer Titanların yarattığı tehdidi ortadan kaldırmak için Apex şirketi yeni bir teknoloji geliştirmiştir, ancak bu yeni silahı faaliyete geçirebilmek için Apex patronu Walter Simmons'ın Titanların gizli yaşam alanı olan Dünya'nın oyuk çekirdeğinde saklı bir enerji kaynağına ihtiyacı vardır. Kong'un Apex'i oraya götürmesi gerekmektedir, ancak yolda nakliye gemisi Godzilla tarafından saldırıya uğrar...
