Godzilla'nın ve "Muto" olarak adlandırılan Titanların ilk ortaya çıkışından beş yıl sonra, dünya başka ilkel canavarların sürekli korkusu içinde yaşamaktadır. Şimdiye kadar Titanları çevreleyen tüm olaylarla başa çıkmada kendi kendine yeterli olan bilimsel kuruluş Monarch'a hükümet tarafından bir seçenek sunulur: Ya hükümetin denetimi altına girecek ya da Godzilla ve bilinen diğer tüm Titanlar daha fazla felaketi önlemek için öldürülecektir. Bu arada Dr. Emma Russell, Orca adlı bir biyo-sonar sistemi geliştirmiştir; bu sistem sayesinde ilkel devlerle iletişim kurabilir ve hatta onlara talimatlar verebilir. Ancak bunu yapmak için Titanların uygun frekansına ihtiyacı vardır. Cihaz sonunda Emma ve kızı Madison'ı kaçıran ve Dünya'da uyuyan tüm Titanları uyandırmak isteyen eko-terörist Alan Jonah'ın eline geçer. Godzilla'nın baş düşmanı üç başlı ejderha Kral Ghidorah nihayet uykusundan uyandığında kıyamet kopar...
