Nefes Yer Eksi İki, 1993 yılında, Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde, bir sınır karakolunda geçen olayları konu alıyor. Film, üç farklı karakterin hayatlarını ve bu karakterlerin birbirleriyle olan ilişkilerini anlatıyor.
Tayfun Yüzbaşı, sınır karakolunun komutanı. Adaletli ve cesur bir komutan olan Tayfun Yüzbaşı, bölgeyi teröristlerden korumaya kararlıdır.
Ufuk, bir gazetecidir. Bölgede yaşanan çatışmaları araştırmak için bölgeye gelmiştir. Ufuk, Tayfun Yüzbaşı ile tanışır ve Tayfun Yüzbaşı'nın bölgedeki mücadelesinden etkilenir.
Salman, bir korucudur. Bölgede yaşayan insanların hayatını korumaya çalışan Salman, Tayfun Yüzbaşı'nın güvenini kazanmış bir korucudur.
Film, bu üç karakterin hayatlarını ve bu karakterlerin birbirleriyle olan ilişkilerini anlatıyor. Film, aynı zamanda, 1990'lı yıllarda Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde yaşanan acıları ve çatışmaları da anlatıyor.
